Superposition de cellules positives de lames sériées
Superposition de cellules positives
Prérequis
- Avoir une lame HES
- Avoir des lames IHC
Recette
Aligner les lames
Vous pouvez soit faire cette étape initialement et enregistrer les .tif, soit aligner à posteriori les annotations que vous auriez définies.
Définissez la lame HES comme lame de référence, et utilisez les lames IHC comme lames à aligner.
Détection des cellules positives
Dans un premier temps, vérifiez que vous utilisez bien une version récente de QuPath 0.7. Au 3 mars 2026, la version officielle que j’ai pu vérifier est v0.7.0-rc1.
- Sélectionnez votre lame IHC.
- Grâce à un outil d’annotation, sélectionnez la zone sur laquelle vous voulez détecter les cellules.
- Allez dans Extensions → InstanSeg → Run InstanSeg.
- Dans la boîte de dialogue, sélectionnez une ou plusieurs annotations sur lesquelles appliquer InstanSeg.
- Cliquez sur Run pour lancer la segmentation.
Le processus lancera le modèle sur les régions sélectionnées et créera des détections (noyaux et/ou cellules) dans QuPath.
- Allez dans Classify → Object classification → Set cell intensity classifications…
- Dans le champ Measurement, sélectionnez DAB: Mean
- Réglez le seuil puis cliquez sur Apply
Exporter seulement les cellules positives
- Allez dans Objects → Select… → Select objects by classification
- Choisissez Negative et validez
-
Allez dans Objects → Delete… → Delete selected objects
- Allez dans File → Export objects as GeoJSON…
- Sélectionnez Selected objects si vous avez déjà filtré la liste