StarDist vs InstanSeg : quand utiliser quoi
StarDist vs InstanSeg : quand utiliser quoi
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- QuPath 0.7 installé.
- Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est
v0.7.0-rc1. - Extension InstanSeg ou StarDist installée selon l’article.
- Une ROI test pour valider rapidement le résultat.
Pas à pas
- Évaluer les deux modèles sur les mêmes ROI.
- Mesurer temps de traitement et stabilité des contours.
- Comparer faux positifs/faux négatifs sur 3 cas difficiles.
- Choisir un modèle unique par cohorte pour éviter les biais.
- Documenter le choix final et la raison.
À copier-coller
Décision rapide:
- StarDist: souvent plus simple pour noyaux H&E
- InstanSeg: flexible nuclei+cell, bon en multiplex
- Choix final: meilleur compromis précision/temps sur ton jeu de données
Vérifier que ça marche
- Des objets sont bien détectés dans la ROI test.
- Pas de sur-segmentation massive en bordure.
- Les mesures exportées sont non vides.
En cas de problème
- Tester d’abord en CPU puis passer en GPU/MPS.
- Réduire la taille de tuile si erreur mémoire.