StarDist : utiliser un modèle H&E pré-entraîné
StarDist : utiliser un modèle H&E pré-entraîné
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- QuPath 0.7 installé.
- Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est
v0.7.0-rc1. - Extension InstanSeg ou StarDist installée selon l’article.
- Une ROI test pour valider rapidement le résultat.
Pas à pas
- Charger une lame H&E correctement calibrée.
- Sélectionner un modèle StarDist entraîné pour H&E.
- Lancer sur petite ROI pour ajuster les paramètres.
- Étendre au lot si le résultat visuel est acceptable.
- Exporter les objets et mesures pour revue.
À copier-coller
model: he_pretrained
probability_threshold: 0.5
nms_threshold: 0.4
pixel_size_um: 0.5
output: nuclei
Vérifier que ça marche
- Des objets sont bien détectés dans la ROI test.
- Pas de sur-segmentation massive en bordure.
- Les mesures exportées sont non vides.
En cas de problème
- Tester d’abord en CPU puis passer en GPU/MPS.
- Réduire la taille de tuile si erreur mémoire.