StarDist : installer l’extension dans QuPath
StarDist : installer l’extension dans QuPath
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- QuPath 0.7 installé.
- Au 3 mars 2026, la version officielle QuPath 0.7 que j’ai pu vérifier est
v0.7.0-rc1. - Extension InstanSeg ou StarDist installée selon l’article.
- Une ROI test pour valider rapidement le résultat.
Pas à pas
- Installer l’extension StarDist compatible avec QuPath 0.7.
- Vérifier qu’un moteur deep learning est disponible (CPU/GPU).
- Redémarrer QuPath après installation.
- Tester l’extension sur une image H&E simple.
- Conserver la version extension dans le runbook.
À copier-coller
Contrôles minimum:
- Menu StarDist visible dans QuPath
- Aucun message d'erreur au lancement
- Détections générées sur une ROI test
Vérifier que ça marche
- Des objets sont bien détectés dans la ROI test.
- Pas de sur-segmentation massive en bordure.
- Les mesures exportées sont non vides.
En cas de problème
- Tester d’abord en CPU puis passer en GPU/MPS.
- Réduire la taille de tuile si erreur mémoire.