QuPath : exporter les mesures au format CSV
QuPath : exporter les mesures au format CSV
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- QuPath 0.7 installé et lancé une première fois.
- Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est
v0.7.0-rc1. - Une image test ouverte dans un projet QuPath.
- Droits d’écriture sur le dossier de sortie.
Pas à pas
- Vérifier que la détection est terminée et gelée (pas de recalcul en parallèle).
- Choisir les mesures utiles (aire, circularité, intensité marqueur).
- Exporter en CSV depuis la table de mesures ou avec un script Groovy dédié.
- Inclure l’identifiant image et ROI dans le fichier exporté.
- Contrôler 10 lignes aléatoires dans un tableur avant import aval.
À copier-coller
def out = buildFilePath(PROJECT_BASE_DIR, 'exports', 'detections.csv')
mkdirs(new File(out).getParent())
saveDetectionMeasurements(out)
println 'Export: ' + out
Vérifier que ça marche
- La manipulation se lance sans erreur dans QuPath.
- Le résultat attendu est visible sur l’image test.
- Le projet se sauvegarde correctement.
En cas de problème
- Redémarrer QuPath puis relancer sur une image plus petite.
- Vérifier la version QuPath et l’extension installée.