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QuPath : importer des lames entières (WSI) correctement

Objectif

À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.

Avant de commencer

  • QuPath 0.7 installé et lancé une première fois.
  • Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est v0.7.0-rc1.
  • Une image test ouverte dans un projet QuPath.
  • Droits d’écriture sur le dossier de sortie.

Pas à pas

  1. Vérifier que la lame est bien pyramidale (.svs, .ndpi, .mrxs, .tif pyramidal).
  2. Importer via Project > Add images... et ne pas dupliquer les fichiers.
  3. Contrôler la calibration pixel (Image > Properties).
  4. Vérifier orientation/couches de la lame avant annotation.
  5. Bloquer toute analyse si pixel size est absent ou incohérent.

À copier-coller

def md = getCurrentServer().getMetadata()
println "Width x Height: ${md.getWidth()} x ${md.getHeight()}"
println "Pixel size (um): " + md.getPixelCalibration().getAveragedPixelSizeMicrons()
println "Magnification: " + md.getMagnification()

Vérifier que ça marche

  • La manipulation se lance sans erreur dans QuPath.
  • Le résultat attendu est visible sur l’image test.
  • Le projet se sauvegarde correctement.

En cas de problème

  • Redémarrer QuPath puis relancer sur une image plus petite.
  • Vérifier la version QuPath et l’extension installée.

Documentation officielle

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