QuPath : créer un projet standard reproductible
QuPath : créer un projet standard reproductible
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- QuPath 0.7 installé et lancé une première fois.
- Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est
v0.7.0-rc1. - Une image test ouverte dans un projet QuPath.
- Droits d’écriture sur le dossier de sortie.
Pas à pas
- Créer un dossier projet avec sous-dossiers
raw/,project/,exports/,logs/. - Dans QuPath:
File > Project > Create project...puis sélectionnerproject/. - Définir une convention de nommage unique (
cohorte_patient_lame). - Sauvegarder une liste de classes standard avant toute annotation.
- Tester l’export CSV et GeoJSON sur une image pilote.
- Garder à côté du projet les scripts Groovy utiles, car QuPath 0.7 ne réutilise plus les anciens workflows enregistrés.
À copier-coller
raw/
project/
exports/
logs/
README_pipeline.md
Vérifier que ça marche
- La manipulation se lance sans erreur dans QuPath.
- Le résultat attendu est visible sur l’image test.
- Le projet se sauvegarde correctement.
En cas de problème
- Redémarrer QuPath puis relancer sur une image plus petite.
- Vérifier la version QuPath et l’extension installée.