QuPath : organiser les classes d’objets
QuPath : organiser les classes d’objets
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- QuPath 0.7 installé et lancé une première fois.
- Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est
v0.7.0-rc1. - Une image test ouverte dans un projet QuPath.
- Droits d’écriture sur le dossier de sortie.
Pas à pas
- Définir une arborescence de classes avant la détection (
Cell,Tumor,Immune, etc.). - Créer ces classes une fois puis les réutiliser sur toutes les lames du projet.
- Associer une couleur fixe par classe pour éviter les changements visuels en cours d’analyse.
- Éviter les classes redondantes (
TumeuretTumor). - Versionner la nomenclature dans un fichier
classes.md.
En QuPath 0.7, gardez aussi un petit script de création de classes dans votre dépôt. N’utilisez pas d’ancien workflow enregistré.
À copier-coller
def classes = ['Tumor', 'Stroma', 'Immune', 'Artefact']
classes.each { name ->
def pc = getPathClass(name)
println "Classe OK: " + pc
}
Vérifier que ça marche
- La manipulation se lance sans erreur dans QuPath.
- Le résultat attendu est visible sur l’image test.
- Le projet se sauvegarde correctement.
En cas de problème
- Redémarrer QuPath puis relancer sur une image plus petite.
- Vérifier la version QuPath et l’extension installée.