QuPath : fondamentaux des annotations
QuPath : fondamentaux des annotations
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- QuPath 0.7 installé et lancé une première fois.
- Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est
v0.7.0-rc1. - Une image test ouverte dans un projet QuPath.
- Droits d’écriture sur le dossier de sortie.
Pas à pas
- Ouvrir l’image dans le projet puis dessiner les ROI avec les outils d’annotation (
Rectangle,Polygon,Brush). - Créer des annotations uniquement sur des zones nettes et représentatives.
- Attribuer une classe claire à chaque annotation (
Tumor,Stroma,Artefact). - Ne jamais mélanger classes biologiques et classes techniques.
- Sauvegarder le projet après chaque lot puis exporter un GeoJSON de contrôle via
File > Export objects as GeoJSON....
À copier-coller
def ann = getAnnotationObjects()
println "Annotations totales: " + ann.size()
println "Classes: " + ann.collect{it.getPathClass()}.unique()
Vérifier que ça marche
- La manipulation se lance sans erreur dans QuPath.
- Le résultat attendu est visible sur l’image test.
- Le projet se sauvegarde correctement.
En cas de problème
- Redémarrer QuPath puis relancer sur une image plus petite.
- Vérifier la version QuPath et l’extension installée.