Python + OpenSlide : premiers pas
Python + OpenSlide : premiers pas
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Python 3.10+ et environnement virtuel.
- Dépendances installées pour le script de l’article.
- Un dossier entrée/sortie clairement séparé.
Pas à pas
- Installer la librairie système OpenSlide.
- Créer un environnement Python dédié.
- Installer
openslide-python,numpy,pillow. - Ouvrir une lame et lire ses métadonnées.
- Extraire une petite région test pour valider.
À copier-coller
# Ubuntu
sudo apt install -y openslide-tools libopenslide0
python -m venv .venv
source .venv/bin/activate
pip install --upgrade pip
pip install openslide-python numpy pillow
Vérifier que ça marche
- Le script s’exécute sans exception.
- Les fichiers de sortie sont bien créés.
- Le résultat est cohérent sur un petit lot test.
En cas de problème
- Relancer dans un environnement virtuel propre.
- Vérifier chemins d’entrée/sortie et permissions.