Python : extraction de tuiles depuis WSI
Python : extraction de tuiles depuis WSI
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Python 3.10+ et environnement virtuel.
- Dépendances installées pour le script de l’article.
- Un dossier entrée/sortie clairement séparé.
Pas à pas
- Définir niveau pyramidale, taille de tuile et stride.
- Ignorer les tuiles hors tissu ou trop blanches.
- Sauvegarder les tuiles avec coordonnées dans le nom.
- Conserver un CSV index des tuiles exportées.
- Vérifier un échantillon visuel de tuiles.
À copier-coller
import openslide
from pathlib import Path
slide = openslide.OpenSlide('sample.svs')
out = Path('tiles'); out.mkdir(exist_ok=True)
size, stride = 512, 512
W, H = slide.level_dimensions[0]
for y in range(0, H - size + 1, stride):
for x in range(0, W - size + 1, stride):
tile = slide.read_region((x, y), 0, (size, size)).convert('RGB')
tile.save(out / f'tile_x{x}_y{y}.jpg', quality=90)
Vérifier que ça marche
- Le script s’exécute sans exception.
- Les fichiers de sortie sont bien créés.
- Le résultat est cohérent sur un petit lot test.
En cas de problème
- Relancer dans un environnement virtuel propre.
- Vérifier chemins d’entrée/sortie et permissions.