Ce parcours est organisé du plus fondamental au plus avancé.
L’idée est de suivre les modules dans l’ordre pour construire un pipeline complet, reproductible et publication-ready.

Ressources externes centralisées : Médias utiles

1. Démarrage et environnement

  1. Performance : installer CUDA proprement
  2. Performance : vérifier CUDA côté système
  3. QuPath : installation propre et vérification initiale

2. Fondamentaux QuPath

  1. QuPath : créer un projet standard reproductible
  2. QuPath : importer des lames entières (WSI) correctement
  3. QuPath : fondamentaux des annotations
  4. QuPath : organiser les classes d’objets
  5. QuPath : exporter les mesures au format CSV

3. Segmentation cellulaire (InstanSeg / StarDist)

  1. InstanSeg : première segmentation cellule + noyau
  2. InstanSeg : paramètres clés à connaître
  3. InstanSeg : segmentation sur zones annotées
  4. InstanSeg : comparaison CPU, GPU et MPS
  5. StarDist : installer l’extension dans QuPath
  6. StarDist : utiliser un modèle H&E pré-entraîné
  7. StarDist vs InstanSeg : quand utiliser quoi
  8. InstanSeg : contrôle qualité des segmentations

4. Alignement interlames (Warpy / VALIS)

  1. Warpy : installation et test rapide
  2. Warpy : projeter des annotations interlames
  3. VALIS : installation pas à pas
  4. VALIS : lancer un alignement en script Python
  5. Warpy vs VALIS : comparatif pratique
  6. Alignement : gérer l’échelle et la résolution
  7. Alignement de séries H&E et IHC

5. Clustering spatial (CytoMAP)

  1. CytoMAP : installation et démarrage
  2. CytoMAP : importer un CSV cellulaire propre
  3. CytoMAP : phénotypage cellulaire de base
  4. CytoMAP : définir les neighborhoods
  5. CytoMAP : clustering des régions tissulaires
  6. CytoMAP : workflow complet de A à Z

6. Multiplex

  1. Multiplex : préparer un projet QuPath propre
  2. Multiplex : importer et nommer les canaux
  3. Multiplex : segmentation cellulaire adaptée
  4. Multiplex : définir les seuils de marqueurs
  5. Multiplex : construire des phénotypes cellulaires
  6. Multiplex : check-list de contrôle qualité

7. Scripts Python utiles

  1. Python + OpenSlide : premiers pas
  2. Python : extraction de tuiles depuis WSI
  3. Python : filtrer les tuiles sans tissu
  4. Python : lire et écrire un GeoJSON
  5. Python : réparer des géométries GeoJSON invalides
  6. Python : exporter des ROI en images publication

8. Classification de patterns

  1. Classification objet dans QuPath : bonnes pratiques
  2. Évaluer un modèle de classification dans QuPath
  3. Construire un workflow reproductible de pattern

9. Qualité, performance, publication

  1. QC : check-list avant lancement d’analyse
  2. QC : qualité d’image à l’entrée du pipeline
  3. QC : détecter les erreurs de segmentation
  4. Performance : choisir CPU/GPU selon la tâche
  5. Performance : benchmark d’un pipeline complet
  6. Publication : figure QuPath nette et lisible
  7. Publication : export haute résolution
  8. Publication : légendes cohérentes et utiles
  9. Publication : couleurs accessibles et contrastes