Multiplex : définir les seuils de marqueurs
Multiplex : définir les seuils de marqueurs
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Images multiplex avec canaux identifiés.
- Liste des marqueurs et contrôles disponible.
- Projet QuPath dédié au multiplex.
Pas à pas
- Calculer les seuils à partir des contrôles négatifs.
- Vérifier les distributions de signal par marqueur.
- Fixer un seuil stable (ex: percentile 99 des négatifs).
- Ne pas ajuster les seuils lame par lame sans justification.
- Documenter tous les seuils dans un fichier versionné.
À copier-coller
import pandas as pd
df = pd.read_csv('controls_negative.csv')
for marker in ['CD3_mean', 'CD8_mean', 'PDL1_mean']:
thr = df[marker].quantile(0.99)
print(marker, 'threshold=', round(thr, 2))
Vérifier que ça marche
- Les canaux sont correctement nommés.
- Les seuils/phénotypes produisent des classes cohérentes.
- Les exports sont complets pour le lot test.
En cas de problème
- Vérifier l’ordre des canaux et les seuils de base.
- Contrôler une lame témoin avant lot complet.