Multiplex : segmentation cellulaire adaptée
Multiplex : segmentation cellulaire adaptée
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Images multiplex avec canaux identifiés.
- Liste des marqueurs et contrôles disponible.
- Projet QuPath dédié au multiplex.
Pas à pas
- Sélectionner une méthode de segmentation compatible fluorescence.
- Tester les paramètres sur 2 zones contrastées.
- Ajuster
cell expansionet taille minimale des objets. - Vérifier qu’il n’y a pas de sur-segmentation massive.
- Geler les paramètres pour le lot complet.
À copier-coller
nucleus_detection:
sigma: 1.5
min_area_um2: 20
cell_expansion_um: 5
watershed_postprocess: true
Vérifier que ça marche
- Les canaux sont correctement nommés.
- Les seuils/phénotypes produisent des classes cohérentes.
- Les exports sont complets pour le lot test.
En cas de problème
- Vérifier l’ordre des canaux et les seuils de base.
- Contrôler une lame témoin avant lot complet.