Multiplex : préparer un projet QuPath propre
Multiplex : préparer un projet QuPath propre
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Images multiplex avec canaux identifiés.
- Liste des marqueurs et contrôles disponible.
- Projet QuPath dédié au multiplex.
Pas à pas
- Créer un projet QuPath dédié au multiplex (pas mélanger avec H&E).
- Lister tous les marqueurs avec canal, clone et seuil attendu.
- Ajouter des contrôles positifs/négatifs dans le lot.
- Harmoniser le nommage des images et des canaux.
- Geler le plan d’analyse avant segmentation.
À copier-coller
Table minimale à préparer:
- Marker
- Canal
- Contrôle positif
- Contrôle négatif
- Seuil initial
Vérifier que ça marche
- Les canaux sont correctement nommés.
- Les seuils/phénotypes produisent des classes cohérentes.
- Les exports sont complets pour le lot test.
En cas de problème
- Vérifier l’ordre des canaux et les seuils de base.
- Contrôler une lame témoin avant lot complet.