Multiplex : construire des phénotypes cellulaires
Multiplex : construire des phénotypes cellulaires
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Images multiplex avec canaux identifiés.
- Liste des marqueurs et contrôles disponible.
- Projet QuPath dédié au multiplex.
Pas à pas
- Définir des règles explicites de phénotypes (logique booléenne).
- Appliquer les règles de manière identique à tout le lot.
- Mesurer la proportion des classes rares.
- Revoir les classes incohérentes avec un expert.
- Exporter la table finale par cellule.
À copier-coller
import pandas as pd
df = pd.read_csv('cells_multiplex.csv')
df['phenotype'] = 'Other'
df.loc[(df['CD3_mean']>200) & (df['CD8_mean']>180), 'phenotype'] = 'T_CD8'
df.loc[(df['CD3_mean']>200) & (df['CD4_mean']>180), 'phenotype'] = 'T_CD4'
print(df['phenotype'].value_counts())
Vérifier que ça marche
- Les canaux sont correctement nommés.
- Les seuils/phénotypes produisent des classes cohérentes.
- Les exports sont complets pour le lot test.
En cas de problème
- Vérifier l’ordre des canaux et les seuils de base.
- Contrôler une lame témoin avant lot complet.