Multiplex : importer et nommer les canaux
Multiplex : importer et nommer les canaux
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Images multiplex avec canaux identifiés.
- Liste des marqueurs et contrôles disponible.
- Projet QuPath dédié au multiplex.
Pas à pas
- Importer les images multiplex dans un projet séparé.
- Renommer chaque canal avec le nom du marqueur réel.
- Vérifier l’ordre des canaux pour éviter les inversions.
- Contrôler le bruit de fond par canal.
- Sauvegarder la configuration canaux avant suite.
À copier-coller
def channels = getCurrentServer().getMetadata().getChannels()
channels.eachWithIndex { ch, i ->
println "${i}: ${ch.getName()}"
}
Vérifier que ça marche
- Les canaux sont correctement nommés.
- Les seuils/phénotypes produisent des classes cohérentes.
- Les exports sont complets pour le lot test.
En cas de problème
- Vérifier l’ordre des canaux et les seuils de base.
- Contrôler une lame témoin avant lot complet.