Multiplex : check-list de contrôle qualité
Multiplex : check-list de contrôle qualité
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Images multiplex avec canaux identifiés.
- Liste des marqueurs et contrôles disponible.
- Projet QuPath dédié au multiplex.
Pas à pas
- Vérifier la qualité image par canal (saturation, bruit, fond).
- Contrôler la segmentation sur au moins 5 ROI par lame.
- Comparer les taux de positivité aux contrôles biologiques.
- Tracer les distributions de signal par marqueur.
- Bloquer l’analyse si dérive majeure détectée.
À copier-coller
import pandas as pd
df = pd.read_csv('cells_multiplex.csv')
for marker in ['CD3_mean', 'CD8_mean', 'PDL1_mean']:
print(marker, df[marker].describe()[['mean', 'std', 'min', 'max']].to_dict())
Vérifier que ça marche
- Les canaux sont correctement nommés.
- Les seuils/phénotypes produisent des classes cohérentes.
- Les exports sont complets pour le lot test.
En cas de problème
- Vérifier l’ordre des canaux et les seuils de base.
- Contrôler une lame témoin avant lot complet.