InstanSeg : segmentation sur zones annotées
InstanSeg : segmentation sur zones annotées
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- QuPath 0.7 installé.
- Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est
v0.7.0-rc1. - Extension InstanSeg ou StarDist installée selon l’article.
- Une ROI test pour valider rapidement le résultat.
Pas à pas
- Créer les annotations ROI avant la segmentation.
- Ne sélectionner que les annotations cibles (éviter
Whole slide). - Lancer InstanSeg en mode
selected annotations only. - Vérifier le nombre de cellules détectées par ROI.
- Exporter les mesures par annotation.
À copier-coller
def rois = getAnnotationObjects().findAll { it.getPathClass() != null }
selectObjects(rois)
println 'ROI sélectionnées: ' + rois.size()
Vérifier que ça marche
- Des objets sont bien détectés dans la ROI test.
- Pas de sur-segmentation massive en bordure.
- Les mesures exportées sont non vides.
En cas de problème
- Tester d’abord en CPU puis passer en GPU/MPS.
- Réduire la taille de tuile si erreur mémoire.