InstanSeg : contrôle qualité des segmentations
InstanSeg : contrôle qualité des segmentations
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- QuPath 0.7 installé.
- Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est
v0.7.0-rc1. - Extension InstanSeg ou StarDist installée selon l’article.
- Une ROI test pour valider rapidement le résultat.
Pas à pas
- Vérifier les faux positifs sur zones sans tissu.
- Vérifier les faux négatifs dans les zones cellulaires denses.
- Contrôler la taille moyenne des objets détectés.
- Refaire un run si >10% des objets sont manifestement erronés.
- Sauvegarder captures QC avant validation finale.
À copier-coller
import pandas as pd
df = pd.read_csv('detections.csv')
print('n_objects:', len(df))
print('area_q01_q99:', df['Cell: Area'].quantile([0.01, 0.99]).to_dict())
Vérifier que ça marche
- Des objets sont bien détectés dans la ROI test.
- Pas de sur-segmentation massive en bordure.
- Les mesures exportées sont non vides.
En cas de problème
- Tester d’abord en CPU puis passer en GPU/MPS.
- Réduire la taille de tuile si erreur mémoire.