InstanSeg : première segmentation cellule + noyau
InstanSeg : première segmentation cellule + noyau
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- QuPath 0.7 installé.
- Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est
v0.7.0-rc1. - Extension InstanSeg ou StarDist installée selon l’article.
- Une ROI test pour valider rapidement le résultat.
Pas à pas
- Installer l’extension InstanSeg compatible avec ta version de QuPath.
- Charger une image test avec une annotation de taille moyenne.
- Lancer InstanSeg sur CPU d’abord pour valider le flux.
- Passer en GPU/MPS ensuite pour accélérer.
- Comparer visuellement 2 zones (dense vs peu cellulaire).
À copier-coller
Paramètres de départ recommandés:
- device: cpu (premier test), puis gpu/mps
- tile_size: 1024
- tile_padding: 64
- outputs: nuclei + cells
Vérifier que ça marche
- Des objets sont bien détectés dans la ROI test.
- Pas de sur-segmentation massive en bordure.
- Les mesures exportées sont non vides.
En cas de problème
- Tester d’abord en CPU puis passer en GPU/MPS.
- Réduire la taille de tuile si erreur mémoire.