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InstanSeg : paramètres clés à connaître

Objectif

À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.

Avant de commencer

  • QuPath 0.7 installé.
  • Au 3 mars 2026, la version officielle vérifiée est v0.7.0-rc1.
  • Extension InstanSeg ou StarDist installée selon l’article.
  • Une ROI test pour valider rapidement le résultat.

Pas à pas

  1. Fixer tile_size selon la RAM GPU (512, 1024, 1536).
  2. Augmenter tile_padding si les objets sont coupés en bordure.
  3. Adapter le device (cpu, gpu, mps) selon la machine.
  4. Conserver les mêmes paramètres sur toute la cohorte.
  5. Journaliser les paramètres dans un fichier run_params.yaml.

À copier-coller

device: gpu
tile_size: 1024
tile_padding: 64
batch_size: 1
save_measurements: true
model: instanseg_general

Vérifier que ça marche

  • Des objets sont bien détectés dans la ROI test.
  • Pas de sur-segmentation massive en bordure.
  • Les mesures exportées sont non vides.

En cas de problème

  • Tester d’abord en CPU puis passer en GPU/MPS.
  • Réduire la taille de tuile si erreur mémoire.

Documentation officielle

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