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Tutoriel CytoMAP : Installation via l’Exécutable (.exe) et Utilisation

Ce tutoriel vous guide à travers l’installation de CytoMAP en utilisant la version autonome distribuée sous forme d’exécutable (.exe) pour Windows, ainsi que les étapes de base pour l’utilisation de cet outil d’analyse spatiale des données cellulaires.

1. Introduction

CytoMAP est une boîte à outils destinée à l’analyse des données issues d’imagerie multiplexée. Elle permet de :

  • Visualiser des données en 2D/3D,
  • Identifier et phénotyper des populations cellulaires via des algorithmes de clustering,
  • Analyser la composition des microenvironnements et la distribution spatiale des cellules.

Pour en savoir plus sur les fonctionnalités et le guide d’installation complet, consultez le Guide d’installation sur GitLab.

2. Installation via l’Exécutable (.exe)

2.1. Téléchargement de l’Installateur

  1. Accéder au fichier d’installation :
    Téléchargez la version compilée de CytoMAP pour Windows depuis le lien suivant :
    Télécharger l’installateur CytoMAP (.exe).

2.2. Exécution de l’Installateur

  1. Installation :
    • Localisez le fichier téléchargé sur votre ordinateur.
    • Double-cliquez sur le fichier .exe pour lancer l’assistant d’installation.
    • Suivez les instructions à l’écran pour installer CytoMAP sur votre système.

Remarque :
La version autonome offre une interface simplifiée et ne nécessite pas l’installation de MATLAB ni de ses toolboxes associés.

2.3. Lancement de CytoMAP

  1. Démarrage de l’application :
    • Une fois l’installation terminée, lancez CytoMAP via le raccourci créé sur le bureau ou depuis le menu Démarrer.
    • L’application s’ouvrira et vous pourrez accéder aux différentes fonctionnalités d’analyse.

3. Utilisation de CytoMAP

Après avoir installé CytoMAP via l’exécutable, voici les étapes essentielles pour démarrer votre analyse :

3.1. Préparation et Importation des Données

  • Format des fichiers :
    Préparez vos données sous forme de fichiers CSV où chaque ligne représente une cellule et chaque colonne une variable (intensité des marqueurs, coordonnées spatiales X, Y, Z).

    Astuce : Pour les données en 2D (X et Y uniquement), CytoMAP ajoutera automatiquement une colonne Z avec des zéros.

  • Importation des échantillons :
    Dans l’interface de CytoMAP, utilisez la fonction Import Multiple Samples pour charger vos fichiers. Vous aurez la possibilité de renommer les échantillons et d’ajuster les noms des canaux si nécessaire.

3.2. Visualisation des Données

  • Création d’une Figure :
    Créez une nouvelle figure via le menu de CytoMAP pour visualiser vos échantillons.
  • Exploration interactive :
    Sélectionnez des canaux spécifiques (par exemple, un marqueur d’intérêt) pour colorer et explorer la distribution spatiale des cellules.

3.3. Phénotypage et Clustering

  • Clustering des cellules :
    Utilisez la commande Cluster Cells pour regrouper les cellules selon leurs intensités de marqueurs.
    Ajustez les paramètres tels que le nombre de clusters et les canaux utilisés afin d’obtenir une classification pertinente.

  • Affichage des résultats :
    Les cellules seront colorées en fonction de leur appartenance à un cluster, facilitant ainsi l’identification visuelle des différents groupes cellulaires.

3.4. Annotation des Clusters

  • Nommer les clusters :
    À l’aide de l’outil d’annotation, attribuez un nom descriptif à chaque cluster (par exemple, « Macrophages » pour un cluster présentant une forte expression de CD64/CD169).

3.5. Analyse des Microenvironnements

  • Définition des voisinages :
    Utilisez l’interface Define Neighborhoods pour créer des zones (ex. zones de 50 µm en balayage raster) qui permettront de quantifier la composition cellulaire locale.

  • Clustering des voisinages en régions :
    Appliquez une méthode de clustering sur ces voisinages pour identifier des régions tissulaires distinctes, et analysez ensuite leurs statistiques (nombre de cellules, intensité moyenne, etc.).

4. Ressources et Support

5. Conclusion

En suivant ces étapes, vous disposez d’une installation fonctionnelle de CytoMAP via l’exécutable (.exe) sur Windows. Vous pouvez désormais exploiter cet outil puissant pour :

  • Visualiser et explorer vos données d’imagerie,
  • Effectuer des analyses de clustering et de phénotypage,
  • Définir et analyser les microenvironnements cellulaires.

Bonne exploration et analyse avec CytoMAP !

Sources :
Guide d’installation sur GitLab ( gernerlab)

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