CytoMAP : workflow complet de A à Z
CytoMAP : workflow complet de A à Z
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Un CSV cellules propre (X, Y, phénotype).
- CytoMAP installé.
- Un échantillon test pour valider le workflow.
Pas à pas
- Exporter les cellules depuis QuPath (coordonnées + phénotypes).
- Nettoyer le CSV puis importer dans CytoMAP.
- Définir neighborhoods et lancer clustering spatial.
- Interpréter les régions et comparer entre échantillons.
- Exporter figures + tables pour rapport final.
À copier-coller
Pipeline minimal:
QuPath export -> CSV QC -> CytoMAP import -> Neighborhoods -> Region clustering -> Export résultats
Vérifier que ça marche
- Le CSV est importé sans erreur.
- Les neighborhoods/clusters sont calculés.
- Les résultats exportés sont exploitables.
En cas de problème
- Valider les colonnes du CSV avant import.
- Commencer avec un sous-ensemble de cellules.