CytoMAP : définir les neighborhoods
CytoMAP : définir les neighborhoods
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Un CSV cellules propre (X, Y, phénotype).
- CytoMAP installé.
- Un échantillon test pour valider le workflow.
Pas à pas
- Choisir un rayon de neighborhood cohérent avec la biologie tissulaire.
- Tester 2-3 rayons (ex: 30, 50, 75 µm).
- Comparer la stabilité des regroupements par rayon.
- Retenir le rayon qui maximise interprétabilité + robustesse.
- Documenter le rayon retenu et son rational.
À copier-coller
Règle pratique:
- Trop petit: bruit élevé
- Trop grand: perte d'information locale
- Commencer à 50 µm puis ajuster
Vérifier que ça marche
- Le CSV est importé sans erreur.
- Les neighborhoods/clusters sont calculés.
- Les résultats exportés sont exploitables.
En cas de problème
- Valider les colonnes du CSV avant import.
- Commencer avec un sous-ensemble de cellules.