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CytoMAP : installation et démarrage

Objectif

À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.

Avant de commencer

  • Un CSV cellules propre (X, Y, phénotype).
  • CytoMAP installé.
  • Un échantillon test pour valider le workflow.

Pas à pas

  1. Installer MATLAB version supportée par CytoMAP.
  2. Télécharger CytoMAP depuis le wiki officiel.
  3. Ajouter le dossier CytoMAP au path MATLAB.
  4. Sauvegarder le path pour les prochaines sessions.
  5. Lancer un dataset test pour confirmer l’installation.

À copier-coller

addpath(genpath('/path/to/CytoMAP'))
savepath
which CytoMAP
disp('CytoMAP prêt')

Vérifier que ça marche

  • Le CSV est importé sans erreur.
  • Les neighborhoods/clusters sont calculés.
  • Les résultats exportés sont exploitables.

En cas de problème

  • Valider les colonnes du CSV avant import.
  • Commencer avec un sous-ensemble de cellules.

Documentation officielle

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