CytoMAP : importer un CSV cellulaire propre
CytoMAP : importer un CSV cellulaire propre
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Un CSV cellules propre (X, Y, phénotype).
- CytoMAP installé.
- Un échantillon test pour valider le workflow.
Pas à pas
- Préparer un CSV avec une ligne par cellule.
- Inclure au minimum:
CellID,X,Y,Phenotype. - Vérifier les valeurs manquantes avant import.
- Importer dans CytoMAP via l’assistant d’import.
- Contrôler le nuage spatial pour valider les coordonnées.
À copier-coller
import pandas as pd
req = {'CellID', 'X', 'Y', 'Phenotype'}
df = pd.read_csv('cells.csv')
missing = req - set(df.columns)
print('missing_columns:', missing)
print('na_counts:', df[list(req)].isna().sum().to_dict())
Vérifier que ça marche
- Le CSV est importé sans erreur.
- Les neighborhoods/clusters sont calculés.
- Les résultats exportés sont exploitables.
En cas de problème
- Valider les colonnes du CSV avant import.
- Commencer avec un sous-ensemble de cellules.