superposition cellules positives de lames sériées
Superposition de cellules positives
prerequis
- avoir une lame HES
- avoir des lames IHC
recette
aligner les lanes
vous pouvez soit faire cette étape initialement et enregistrer les .tif Soit alignées à posteriori les annotations que vous auriez définies.
Il vous faut définir les lames d’intérêt comme la lame HES et les autres lames à aligner sont les IHC.
detection des cellules positives
Dans un premier temps, vous devez vérifier si vous avez bien la version 0.6.0 de QuPath
- sélectionnez votre lame IHC
- Grâce à un outil d’annotation, sélectionnez la zone sur laquelle vous voulez détecter les cellules.
- Allez dans Extensions → InstanSeg → Run InstanSeg
- Dans la boîte de dialogue, sélectionnez une ou plusieurs annotations sur lesquelles appliquer InstanSeg.
- Cliquez sur Run pour lancer la segmentation.
Le processus lancera le modèle sur les régions sélectionnées et créera des détections (noyaux et/ou cellules) dans QuPath.
- Allez dans Classify → Object Classification → Set cell intensity classifications
- dans le champs Measurement selectionné DAB : mean
- cliquez sur apply quand vous serez content du seuil de positivé
exportez seulement les cellules positives
- Allez dans Objects → Select… → Select objects by classification
- choississez négative et validez
-
Allez dans Objects → Delete… → Delete selected objects
- Allez dans File → Export objects as GeoJSON