VALIS : lancer un alignement en script Python
VALIS : lancer un alignement en script Python
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Deux lames du même tissu (référence + cible).
- Outil d’alignement installé (Warpy ou VALIS).
- Un dossier de sortie dédié pour les transformations.
Pas à pas
- Placer les lames source dans un dossier unique.
- Définir un dossier de sortie vide pour les résultats.
- Lancer le script VALIS avec paramètres par défaut d’abord.
- Vérifier visuellement les overlays générés.
- Relancer avec réglages fins si nécessaire.
À copier-coller
from valis import registration
registrar = registration.Valis(
src_dir='slides_in',
dst_dir='valis_out'
)
registrar.register()
registrar.warp_and_save_slides()
Vérifier que ça marche
- Les repères anatomiques se superposent correctement.
- Le décalage global est faible sur 3 zones de contrôle.
- Les sorties d’alignement sont bien générées.
En cas de problème
- Vérifier que les lames ont des résolutions compatibles.
- Refaire le test sur une zone anatomique simple.