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VALIS : installation pas à pas

Objectif

À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.

Avant de commencer

  • Deux lames du même tissu (référence + cible).
  • Outil d’alignement installé (Warpy ou VALIS).
  • Un dossier de sortie dédié pour les transformations.

Pas à pas

  1. Créer un environnement Python dédié à VALIS.
  2. Installer valis-wsi et dépendances scientifiques.
  3. Vérifier import Python sans erreur.
  4. Tester un run minimal sur 2 lames.
  5. Sauvegarder requirements.txt du projet.

À copier-coller

python -m venv .venv-valis
source .venv-valis/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install valis-wsi openslide-python
python -c "from valis import registration; print('VALIS OK')"

Vérifier que ça marche

  • Les repères anatomiques se superposent correctement.
  • Le décalage global est faible sur 3 zones de contrôle.
  • Les sorties d’alignement sont bien générées.

En cas de problème

  • Vérifier que les lames ont des résolutions compatibles.
  • Refaire le test sur une zone anatomique simple.

Documentation officielle

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