Alignement de séries H&E et IHC
Alignement de séries H&E et IHC
Objectif
À la fin, vous aurez reproduit cette étape de bout en bout sur un cas test.
Avant de commencer
- Deux lames du même tissu (référence + cible).
- Outil d’alignement installé (Warpy ou VALIS).
- Un dossier de sortie dédié pour les transformations.
Pas à pas
- Choisir H&E comme référence morphologique.
- Aligner chaque lame IHC individuellement vers H&E.
- Vérifier les repères (glandes, vaisseaux, frontières tissulaires).
- Projeter ensuite les ROI/masques de la référence vers IHC.
- Valider sur au moins 3 zones critiques par lame.
À copier-coller
Ordre conseillé:
1) QC image
2) Alignement H&E vs IHC
3) Projection ROI
4) Segmentation/mesure
Vérifier que ça marche
- Les repères anatomiques se superposent correctement.
- Le décalage global est faible sur 3 zones de contrôle.
- Les sorties d’alignement sont bien générées.
En cas de problème
- Vérifier que les lames ont des résolutions compatibles.
- Refaire le test sur une zone anatomique simple.