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Tutoriel WSI Infer pour QuPath : installation et vérification de compatibilité

Ce tutoriel décrit une procédure propre pour installer WSI Infer dans QuPath puis vérifier si l’extension est réellement utilisable avec QuPath 0.7.

Au 3 mars 2026 :

  • la version QuPath 0.7 que j’ai pu vérifier officiellement est v0.7.0-rc1
  • le README officiel de WSI Infer indique des tests sur QuPath v0.5.1 et v0.6.0-rc6
  • je n’ai pas trouvé de source primaire confirmant la compatibilité de WSI Infer avec QuPath 0.7

Conclusion pratique : installez d’abord QuPath 0.7, puis testez WSI Infer sur une copie de projet avant de l’utiliser sur un vrai lot.

1. Introduction

QuPath est un logiciel libre dédié à l’analyse d’images en pathologie numérique. L’extension WSI Infer étend ses fonctionnalités en permettant l’inférence (i.e. l’exécution de modèles de deep learning) directement sur vos images WSI, facilitant ainsi le repérage et la quantification de régions d’intérêt.

2. Prérequis

Avant de commencer, assurez-vous de disposer de :

  • QuPath installé sur votre système :
  • Une version récente de Java (souvent fournie avec QuPath).
  • Une connexion Internet pour télécharger l’extension.
  • (Optionnel) Des modèles d’apprentissage profond pré-entraînés, selon les besoins de votre analyse.

3. Installation de l’Extension WSI Infer

3.1. Téléchargement de l’Extension

  1. Accéder à la source de l’extension :
    Rendez-vous sur le dépôt officiel de l’extension : qupath-extension-wsinfer.

  2. Télécharger le fichier .jar :
    Téléchargez la dernière version du fichier .jar depuis la page Releases du dépôt.

3.2. Ajout de l’Extension à QuPath

  1. Localiser le dossier des extensions :
    Le dossier des extensions QuPath se trouve dans le répertoire utilisateur. Exemples :
    • Windows : C:\Users\<VotreNom>\QuPath\extensions
    • macOS : ~/Library/Application Support/QuPath/extensions
    • Linux : ~/.qupath/extensions

  2. Copier le fichier .jar :
    Déposez le fichier .jar téléchargé dans ce dossier.

  3. Redémarrer QuPath :
    Fermez puis relancez QuPath pour que l’extension soit détectée et chargée automatiquement.

4. Utilisation de l’Extension WSI Infer

4.1. Chargement d’une Image WSI

  1. Lancez QuPath.
  2. Ouvrez une image de lame entière (WSI) via File > Open ou dans un projet via Project > Add images....

4.2. Exécution de l’Extension

  1. Accéder au plugin :
    Dans QuPath 0.7, cherchez l’extension dans le menu Extensions. Si aucun menu WSI Infer n’apparaît après redémarrage, considérez l’extension comme non validée sur votre installation.

  2. Configurer l’inférence :
    • Sélectionnez le modèle d’apprentissage profond à utiliser (si plusieurs options sont proposées).
    • Ajustez les paramètres d’exécution (par exemple, seuils de confiance, options de segmentation).
  3. Lancer l’inférence :
    Cliquez sur le bouton pour démarrer le processus. L’extension analysera l’image et générera des annotations ou contours de segmentation directement sur l’image.

4.3. Visualisation et Exportation des Résultats

  1. Examinez les résultats :
    Les annotations générées (par exemple, des contours, des zones colorées) s’affichent en superposition sur l’image WSI.
    Vous pouvez ajuster la visibilité ou l’opacité des annotations via l’interface.

  2. Exporter les résultats :
    Exportez d’abord les annotations ou objets produits, par exemple en GeoJSON ou en table de mesures, selon ce que l’extension ajoute réellement à la hiérarchie QuPath.

5. Ressources et Support

  • Documentation et Tutoriels QuPath :
    Pour QuPath 0.7, gardez comme référence principale la release officielle puis la documentation stable :

  • Communauté et Forums :
    Pour poser des questions ou partager vos expériences, rejoignez le forum image.sc et recherchez les discussions autour de WSI Infer.

  • Dépôt GitHub de l’Extension :
    Le README officiel de l’extension détaille les options, les modèles attendus et les versions testées.

6. Conclusion

En pratique, considérez cette extension comme à revalider pour QuPath 0.7 tant que le dépôt officiel n’annonce pas explicitement cette compatibilité. Le bon réflexe est :

  1. installer l’extension
  2. vérifier qu’elle apparaît dans Extensions
  3. la tester sur une image simple
  4. n’utiliser vos vraies données qu’après validation

Sources :
QuPath v0.7.0-rc1
README officiel WSI Infer
Forum Image.sc

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